Кафедра компьютерной безопасности и прикладной алгебры создана в феврале 2001 г.

Первый выпуск специалистов состоялся в 2007 году.

Первым заведующим кафедрой был доктор физико-математических наук, профессор Рожков Александр Викторович.

С 2010 года заведующим кафедрой был доктор физико-математических наук, профессор Соловьёв Александр Артемович.

С 2018 года заведующим кафедрой является кандидат физико-математических наук, доцент Ручай Алексей Николаевич.